SERVICIO GENERAL DE PROTEÓMICA

Servicios Ofertados

La Unidad de Proteómica de la UPV/EHU ofrece los siguientes servicios:

1. Análisis de masa molecular. El análisis de la masa molecular de las proteínas mediante espectrometría de masas se ha convertido en una metodología rutinaria para analizar posibles alteraciones en proteínas purificadas cuya masa molecular es conocida (i.e. sobrexpresión). Dependiendo de la complejidad de la muestra se realizan 2 tipos de análisis:
• Proteína purificada: En caso de ser necesario se realiza una limpieza y cambio de buffer de la muestra utilizando las columnas Micro Bio-Spin 6 (Bio-Rad)
• Mezcla de proteínas: Las proteínas de la muestra se separan en una columna Symmetry 300 C4 3.5 micras (Waters).

 

2. Identificación de proteínas. La espectrometría de masas en tándem ofrece la posibilidad de identificar las proteínas en muestras de complejidad muy variable, desde proteínas purificadas (purificaciones cromatográficas, spots de geles bidimensionales) hasta muestras de complejidad variable (bandas mayoritarias de geles SDS-PAGE, fracciones cromatográficas relativamente purificadas, inmunoprecipitaciones, orgánulos subcelulares o extractos totales de células). Dependiendo de la complejidad de la muestra y de los resultados requeridos se ofrecen diferentes tipos de análisis:
• Muestras con menos de 5 proteínas:
• PMF - Peptide Mass Fingerprinting: MS (MALDI-Q-TOF)
• PMF - Peptide Mass Fingerprinting: MS + MS/MS (MALDI-Q-TOF)
• nanoLC-MS/MS (ESI-Q-TOF)
• Muestras con menos de 50 proteínas.
• Muestras con más de 50 proteínas (se analiza la muestra por triplicado)

 

3. Proteómica diferencial. Mediante el análisis de expresión proteica diferencial se compara la expresión proteica en diferentes muestras (sano vs. enfermo), se identifican las proteínas diferencialmente expresadas y se determina su variación. El método utilizado se basa en el análisis por cromatografía líquida unida a espectrometría de masas y sin marcaje de la muestra. Esta técnica permite la comparación de un número ilimitado de muestras. Se requieren 3 replicas de cada muestra.

 

4. Caracterización de modificaciones postraduccionales. Se ofrece el análisis de fosforilaciones, en el cuál se realiza un enriquecimiento de los fosfopéptidos de la muestra mediante cromatografía con TiO2 y análisis mediante espectrometría de masas. Se puede identificar el fosfopéptido y determinar el aminoácido fosforilado. Dependiendo de la complejidad de la muestra se ofrecen 3 tipos de análisis:
• Muestras con menos de 5 proteínas
• Muestras con menos de 50 proteínas
• Muestras con más de 50 proteínas

 

5. Análisis de imagen y cuantificación diferencial de geles 2-D. La Unidad de Proteómica de la UPV/EHU pone a disposición de los usuarios el software de análisis de imagen Progenesis SameSpot (Nonlinear Dynamics).
• Autoservicio: Tras una pequeña introducción el usuario realiza todo el análisis de sus imágenes.
• El usuario proporciona las imágenes a analizar y la Unidad de Proteómica realiza todo el análisis.

 

Una vez realizado el análisis de las muestra, la Unidad de Proteómica de la UPV/EHU realizará un informe completo de los resultados obtenidos y en caso de requerirlo estará disponible para ofrecer cualquier información o explicación adicional que el usuario necesite.