• Quantum Mechanics
• BioChemistry / Molecular Mechanics
• Matemática y Gráficos
• Genética
• Software de Visualización
• Otro Software
Quantum Mechanics |
Xeon | Itanium | Opteron | Péndulo |
| Abinit 6.0.4 |  |
|
|
|
| ADF 2010.01 | |
|
|
|
| BigDFT | |
|
|
|
| Casino 2.4 | |
|
|
|
| Dirac 08 | |
|
|
|
| Espresso 4.3.1 | |
|
|
4.2.1 |
| Gamess Jan 2009 | |
|
||
| Gaussian 03 & 09 | |
|
|
|
| Jaguar | |
|
|
|
| MIKA .81 | |
|
|
|
| NBO 5 | |
|
||
| NWChem 6.0 | |
|||
| Orca 2.8 | |
|||
| Qsite | |
|
|
|
| Siesta 2.0.1 | |
|||
| Siesta 3.0 | |
|
||
| TB-LMTO 4.6 | |
|
|
|
| Terachem | |
|||
| Turbomole 6.3 | |
|||
| VASP | |
|
|
|
| Wien2K | |
|
|
|
| Yambo 3.2.2 | |
|
|
|
BioChemistry / Molecular Mechanics |
||||
| Amber 8 | |
|||
| DL_POLY | |
|
|
|
| Gromacs 4.0 | |
|
|
|
| Macromodel | |
|
|
|
| NAMD 2.6 | |
|
||
| LAMMPS 14Jan12 | |
|||
| GULP 4.0 | |
|||
| Towhee 7.0.2 | |
|||
Matemática y Gráficos |
Xeon | Itanium | Opteron | Péndulo |
| Coin-or | |
|
|
|
| CPLEX | |
|
|
|
| Grace 5.1.19 | |
|
|
|
| Mathematica | |
|
|
|
| Matlab 7.9 | |
|||
| Matlab 7.12 | |
|||
| Matplotlib | |
|
||
| Octave 3.2.3 | |
|
|
|
| Octave 3.2.4 | |
|||
| Scilab 5.1.1 | |
|
|
|
| Scilab 5.2.2 | |
|||
Genética |
Xeon | Itanium | Opteron | Péndulo |
| ABySS | |
|||
| BEAST 1.5.4 | |
|
|
|
| BLAST | |
|||
| Blast2Go | |
|
|
|
| Clean_reads | |
|||
| CLUMPP | |
|
|
|
| Genepop | |
|
|
|
| mpiBLAST | |
|
|
|
| structure | |
|
|
|
| Velvet | |
|||
Software de Visualización |
Xeon | Itanium | Opteron | Péndulo |
| Gaussview | |
|
||
| NX client | |
|
|
|
| Molden | |
|
|
|
| Xmakemol | |
|
|
|
| P4VASP | |
|
||
| Maestro | |
|
|
|
| VMD | |
|
||
Otro Software |
Xeon | Itanium | Opteron | Péndulo |
| StarCCM+ | |
|
|
|
| GAP 4.4 | |
|
|
|
| Gretl | |
|||
| HTK 3.4.1 | |
|
||
| NCL-NCAR | |
|||
| OOMMF | |
|
|
|
| WRF 3.1 | |
|
[...] Por ello, hemos escogido tres programas que paralelizan BLAST de forma diferente pero directa y que en cualquiera de los casos producen resultados idénticos: el proporcionado por el NCBI, gpuBLAST [3] y mpiBLAST [4]. Los benchmark se han ejecutado en nodos Xeon de 8 cores a 2.24 GHz y con una tarjeta Tesla C2070 y este software está instalado en las máquinas del IZO-SGI [5]. [...]