1. Características de Péndulo
2. Software de cálculo actualmente instalado
3. Disponibilidad de Péndulo
4. Cómo encolar trabajos en Péndulo
Péndulo es un grid de cálculo científico que utiliza como nodos los ordenadores de las aulas docentes informáticas durante el horario en que éstas permanecen inactivas.
La construcción de éste grid se ha llevado a cabo utilizando los recursos propios del CIDIR de Bizkaia, con la intención de poder ofrecer a la comunidad investigadora una herramienta útil.
El aula donde se inició el proyecto es el Aula de Campus, situado en el edificio Biblioteca, con 60 ordenadores dual core. Posteriormente se incluyó el Aula de Cursos del mismo edificio, con 20 equipos más lo que supone un total de 140 cores. De considerarse necesario se extenderán también a otras aulas informáticas.
Nota importante: Los ficheros necesarios para el cálculo han de estar situados en el directorio de trabajo, desde donde se lanza el trabajo. De no poder ser solicitar ayuda a los técnicos.
Para más información o ayuda contactar con los técnicos.
1. Características de Péndulo
80 PCs y 140 cores con sistema operativo OpenSuse.
Características técnicas del grid:
| Cantidad | Nombre | Tipo | Proc. | Cores | Velocidad | RAM (GB) | Disco (GB) | Etiqueta |
| 1 | Péndulo | Servidor | 4 | 4 | 2.8 GHz | 8 | – | – |
| 60 | b00xxxxx | Nodo | 1 | 2 | 2.1 GHz | 1 | 50 | campus |
| 20 | b0xxxx | Nodo | 1 | 1 | 2.4 GHz | 0.5 | 50 | cursos |
Conexión 100-ethernet entre los nodos.
Contactar con los técnicos para solicitar la instalación de software nuevo.
2. Software de cálculo actualmente instalado
| Area | Programas | ||||||||
| Química | NWchem | ||||||||
| Física | DL_POLY | MIKA | VASP | Ab-Init | Yambo | Wien2K | Espresso | Siesta | TB-LMTO |
| Ingeniería | SatrCCM+ | ||||||||
| Bioquímica | mpiBLAST | Blast2Go | |||||||
| Matemática | Mathematica | Scilab | Octave | ||||||
| Utilidades Gráficas | NX-Zerbitzaria | Molden | X-Makemol | Maestro | GAP | HTK | |||
| Konpiladores | gnu | Intel | java | php | |||||
| Librerías | MKL | FFTW | GSL | hdf5 | netcdf | MPICH | |||
3. Disponibilidad de Péndulo
Dada la propia naturaleza de este grid los investigadores que lo utilicen deben ser conscientes de las siguientes limitaciones:
- El horario de uso es restringido. (Actualmente el horario disponible es aproximadamente de 20:45 a 8:45 entre semana y de forma continuada los fines de semana y algunos festivos, aunque puede estar sujeto a cambios)
- Puede ocurrir que alguno o varios nodos no esté disponible por razones técnicas (error de disco, del servidor de imágenes, etc)
4. Cómo encolar trabajos en Péndulo
Al igual que en Arian se usa el gestor de colas Torque/Maui aunque es un servidor distinto.
El servidor se encarga de repartir los trabajos a realizar entre las distintas colas de trabajo. En dicho servidor se encolarán los trabajos que se vayan lanzando a cualquier hora, hasta que los equipos estén disponibles para ejecutarlos.
Ver la sección del sistema de colas para información general de como enviar trabajos. No obstante, ténganse en cuenta las siguientes características.
- Se puede encolar un trabajo en Péndulo, Arina o en ambos.
- Entre semana el tiempo máximo de walltime es de 11 horas y 30 minutos.
- El fin de semana el tiempo máximo de walltime es de 59 horas.
- La memoria y capacidad de paralelización de los nodos es más limitada que en Arina.
[...] ideal para su uso en clusters de muchos nodos pequeños (por ejemplo el grid Pendulo del IZO-SGI [7]) dado que permite reducir el tamaño de cada proceso de forma que entre en la memoria RAM del [...]