Comentarios para Informática Aplicada a la Investigación

Comentario de hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST en Cluster Péndulo

hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST — Tue, 21 Feb 2012 09:27:22 +0000

[...] ideal para su uso en clusters de muchos nodos pequeños (por ejemplo el grid Pendulo del IZO-SGI [7]) dado que permite reducir el tamaño de cada proceso de forma que entre en la memoria RAM del [...]

Comentario de hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST en Software de Cálculo

hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST — Tue, 21 Feb 2012 09:26:54 +0000

[...] Por ello, hemos escogido tres programas que paralelizan BLAST de forma diferente pero directa y que en cualquiera de los casos producen resultados idénticos: el proporcionado por el NCBI, gpuBLAST [3] y mpiBLAST [4]. Los benchmark se han ejecutado en nodos Xeon de 8 cores a 2.24 GHz y con una tarjeta Tesla C2070 y este software está instalado en las máquinas del IZO-SGI [5]. [...]

Comentario de hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST en mpiBLAST

hpc » Rendimiento de diferentes implementaciones de BLAST — Tue, 21 Feb 2012 09:26:39 +0000

[...] El BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) es un algoritmo y un programa informático de alineamiento de secuencias de tipo local, ya sea de ADN o de proteínas, empleado en bioinformática. El programa es capaz de comparar una secuencia problema contra una gran cantidad de secuencias que se encuentren en una base de datos y encontrar las que tienen mayor parecido así como la significación de cada resultado [1]. [...]

Comentario de hpc » Computación con programas matemáticos en scilab

hpc » Computación con programas matemáticos — Tue, 12 Apr 2011 07:22:58 +0000

[...] Para evaluar el rendimiento hemos ejecutado en máquinas Xeon de última generación una serie de programas matemáticos y hemos medido sus tiempos de ejecución obteniendo a partir de ello una puntuación. Mas detalles en el SGI-IZO. [...]