En el servidor es posible compilar y realizar pequeños test, los trabajos de más de una hora son automáticamente eliminados. Para realizar cálculos mayores es necesario enviarlos a través del sistema de colas. Download article as PDF
Mandar trabajos
Qsub interactivo
Si se ejecuta simplemente qsub sin añadir ningúna orden más: qsub este entrará en modo interactivo, nos realizará unas preguntas simples, que nos guiará en el proceso para enviar varios tipos de trabajo de un modo sencillo. Se puede usar con cualquier ejecutable pero también hay una lista de programas predefinidos (vasp, wrf, adinit, gaussian, [Continue Reading]
Qsub tradicional
Ejecutar en la línea de comandos qsub script_file donde el archivo script_file contiene las directivas para el gestor de colas TORQUE y los comandos a ejecutar para poner el trabajo en marcha. En las siguientes secciones se detallan ciertos scripts. Una vez mandado el trabajo a la cola, obtendremos en pantalla el número de identificación [Continue Reading]
Enviar trabajos a Arina y Pendulo
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Comandos de interés del Sistema de Colas
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Cómo mandar NWchem
send_nwchem Para lanzar al sistema de colas Nwchem existe la utilidad send_nwchem. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: send_nwchem JOBNAME PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ] JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensión. PROCS: Número de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. MEM: memoria en [Continue Reading]
Cómo mandar Gaussian
Comando send_gauss El comando send_gauss envía los cálculos con g09. Recomendamos el uso del comando send_gauss. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de log (*.log) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_gauss envía el trabajo de tal menera que puede ser visualizado con [Continue Reading]
Como Mandar Wien2k
Wien2k requiere de un fichero especial. Los scripts se envían al sistema de colas con el comando qsub script_file script_wien de script que ejecuta el programa run_lapw en paralelo es #!/bin/bash #PBS -l nodes=[val]:ppn=[val] #PBS -l walltime=[val] #PBS -l mem=[val] # Vamos a nuestro home cd $PBS_O_WORKDIR #Creamos el fichero .machines cat $PBS_NODEFILE |cut -c1-6 [Continue Reading]
Cómo mandar Qsite
send_qsite send_qsite JOBNAME DONES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options''] JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión. NODES: Número de nodos. PROCS: Número de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad. [``Other queue options''] Existe la posibilidad de pasar más variables al sistema de colas. [Continue Reading]
Cómo mandar Turbomole
send_turbo Para lanzar al sistema de colas trabajos de Turbomole existe la utilidad send_turbo. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: send_turbo “EXEC and Options” JOBNAME TIME[or QUEUE] PROCS[property] MEM [``Otherqueue options'' ] EXEC: Nombre del programa de turbomole que se quiere usar. JOBNAME: Nombre del input (normalmente control). PROCS: Número de [Continue Reading]
Como Mandar Gamess
Información General Gamess es un paquete de química computacional con varios métodos para calcular propidedades de sistemas moleculares, usando descripciones mecanico-cuánticas estandar para las funciones de onda o la densidad electrónica. La versión 12 JAN 2009 (R1) se encuentra instalada en el cluster. En estos momentos, se podran ejecutar los trabajos de gamess en vários [Continue Reading]
Cómo mandar Terachem
Introducción A parte de los scripts normales de Torque que se pueden escribir existe el comando send_terachem que facilita enviar los trabajos al sistema de colas. send_terachem Para mandar se ha definido el comando send_terachem: send_terachem JOBNAME TIME MEM [``Other queue options''] donde JOBNAME: Nombre del input de Terachem sin extensión. TIME: Tiempo solicitado a la [Continue Reading]
Como Mandar Macromodel
El modo de uso es el siguiente: send_mmodel JOBNAME donde JOBNAME es el fichero de entrada sin extensión. qsub interactivo También se puede usar para enviar macromodel. Download article as PDF
Como Mandar Jaguar
Comando send_jaguar Para mandar Jaguar se ha definido el comando send_jaguar: send_jaguar JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE TIME MEM [``Other queue options''] donde JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión. NODES: Número de nodos. PROCS: Número de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. MEM: memoria en Gb y sin especificar la unidad. [``Other queue options''] [Continue Reading]
Como Mandar Siesta
Comando send_siesta Se recomienda usra el comando send_siesta para enviar trabajos de siesta. El Modo de Uso del comando send_siesta es el siguiente: send_siesta JOBNAME NODES PROCS_PER_NODE[property] TIME MEM [``Other queue options''] JOBNAME: Nombre del input de siesta sin extensión. NODES: Número de nodos. PROCS: Número de procesadores. TIME: Tiempo solicitado a la cola, formato hh:mm:ss. [Continue Reading]
Cómo enviar Orca
Comando send_orca El comando send_orca envía los cálculos orca de un modo sencillo al sistema de colas. Recomendamos el uso del comando send_orca. Este comando preparará script de TORQUE y lo enviará a la cola. El fichero de out (*.out) se mantendrá en el /scratch del nodo de remoto, pero send_orca envía el trabajo de tal menera que [Continue Reading]
Cómo mandar Espresso
send_espresso Para lanzar al sistema de colas trabajos de Quantum Espresso existe la utilidad send_espresso. Al ejecutarlo, muestra la sintaxis del comando, que se resume a continuación: send_espresso “JOBNAME (-npool #PROCS)” EXEC NODES PROCS[property] TIME MEM [``Otherqueue options'' ] JOBNAME: Nombre del input de nwchem sin extensión. Si hay puntos k es conveniente añadir la [Continue Reading]