Pendulo klusterra

Ezaugarri Orokorrak

Pendulo unibertsitatean zehar barreiatuta dauden ikasleentzako PC gelak “orduz-kanpo” kalkuluak egiteko erabiltzen duen GRIDa da.

Proiektu hau Bizkaiko CIDIR-arekin batera burutu da, beraien baliabideak erabiliz, ikertzaileentzat kalkulu-baliabide eraginkor bat izan daitekelakoan.

Leioako Liburutegi eraikinean dagoen Campus Aulan hasi zen projektua, 60 dual-kore ordenagailurekin. Gero Kurtsoetarako Gela gehitu zen, 20 ordenagailu gehiagorekin. Beraz, momentuz 140 ordenagailuz osatuta dago. Aukerak izanez gero, beste PC gela batzutara zabalduko da propiektua.

Garratsitzua: Kalkulurako behar diren fitxeroak lan direktorioan egon behar dira. Horrela ez bada eskatu laguntza [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariei[/intlink].

Penduloren Konfigurazioa

Penduloren konfigurazio fisikoa irudi honetan erakusten da.

Pendulo grida zerbitzari batek kudeatzen du. Erabiltzaileak bertara konektatu eta bertatik bidaliko dituzte lanak kola sistemara. Zerbitzari hau nodeoekin ethernet sare baten bitartzez lotua dago. Honegatik, gomendagarria da kalkuluak diska lokaletan egitea /scratch katalogoan edo nodoen artean partekatutako /gscratchkatalogoan, home-ko NFS konesioa oso motela baita. Behin bukatu eta gero, datu guztiak zerbitzarira ekartzea.

Lanak nola bidali ikusteko jo Lanak ilaretara bidaltzen atalera.

Penduloren Ezaugarriak

Zerbitzaria, 80 nodo eta 140 kore openSuSE Linux 10 sistema eragilepean.

Ezaugarri Teknikoak:

Kantitatea Izena Mota Proz. Koreak Abiadura RAM (GB) Diska (GB) Etiketa
1 Péndulo Serbitzaria 4 4 2.8 GHz 8
60 b00xxxxx Nodoa 1 2 2.1 GHz 1 50 campus
20 b0xxxx Nodoa 1 1 2.4 GHz 0.5 50 cursos

Nodoak fast-etehrnet sare baten bitartez daude konektatuak (100Mb/s-ko abidaurarekin).

Zerbait instalatzea nahi izanez gero, jar zaitezte [intlink id=”1029″ type=”page”]teknikariekin[/intlink] harremanetan.

Instalatuta dagoen softwarera honakoa da:

Area Programas
Kimika NWchem
Fisica DL_POLY MIKA VASP Ab-Init Yambo Wien2K Espresso Siesta TB-LMTO
Ingenieritza SatrCCM+
Biokimika mpiBLAST Blast2Go
Matematika Mathematica Scilab Octave
Tresna Grafikoak NX-Zerbitzaria Molden X-Makemol Maestro GAP HTK
Konpilatzaileak gnu Intel java php
Liburutegiak MKL FFTW GSL hdf5 netcdf MPICH

Erabilgarritasuna

Kluster honen ezaugarriak eta zerbitzuak dituen baliabideak kontutan hartuz, ikertzaileak hurrengo murriztapenak kontutan hartu beharko dituzte:

  • Ordutegia mugatua da. Astean zehar 21:15-tatik hurrengo eguneko 8:45 arte gutxi gorabehera dago klusterra martxan. Asteburutan berriz Ostiraleko 21:15-tatik Asteleheneko 8:45-ak arte.
  • Gomendatzen dugu astean zehar 11:30:00 walltime maximoa eta asteburuetan 58:00:00 ordukoa, txikiagoa ahal bada hobeto lana sartzeko aukera gehiago izan ditzan.
  • Hainbat arroazoiengatik oso erraza da kulsterreko 60 nodoetatik baten bat eskuragarri ez egotea (Hardware arazoak, gaizki itzalita egotea, disko-irudiaen arazoak …).

Lanak Ilarara nola bidali Pendulon

Kola maneiatzaile Torque/Maui erabiltzen dugu, Arinan bezala.

Zerbitzariak lanak ilara desberdinetara bideratuko ditu. Zerbitzaria beti egongo da erabiltzaileen eskura edozein unetan lanak bidali ahal ditzaten. Ondoren, Pendulu aktibatzen denean zerbitzariak bideratuko ditu lanak.

Lanak bidaltzeko garaian bi aukera daude:

  • Arinatik qsub_pendulo agianduaren bitartez.
  • Pendulotik qsub edo qsub_pendulo agianduaren bitartez.

Ikusi[intlink id=”661″ type=”post”] kola sistema[/intlink] jakiteko lanak nola bidali Péndulora. Edozein kasuan kontutan hartu honako ezaugarriak:

  • Lan bat Péndulon, Arinan edo bietan sar daiteke.
  • Astean zehar walltime gehienezko denbora 11 ordu eta 30 minutukoa da.
  • Asteburuan gehienezko walltime denbora 59 ordutakoa da.
  • Nodoen memoria eta paralelizatzeko gaitasuna Arianan baino mugatuagoa da.